На формы организации партизанских сил и способы их действия влияли физико-географические условия. Обширные леса, болота, горы являлись основными районами базирования партизанских сил. Здесь возникли партизанские края и зоны, где могли широко применяться различные способы борьбы, в т. ч. открытые бои с карательными экспедициями противника. В степных же районах крупные соединения успешно действовали лишь в ходе партизанских рейдов. Находившиеся здесь постоянно небольшие отряды и группы обычно избегали открытых столкновений с врагом и наносили ему ущерб главным образом диверсиями.
В ряде районов Прибалтики, Молдавии, южной части Западной Украины, которые только в 1939—40 годах вошли в состав СССР, гитлеровцам удалось через буржуазных националистов распространить своё влияние на некоторые слои населения. Существовавшие в этих районах небольшие партизанские отряды и подпольные организации вели главным образом диверсионно-разведывательные действия и политработу.
Общее стратегия, руководство партизанским движением осуществляла Ставка ВГК. Непосредственно стратегическое руководство осуществлял Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД) при Ставке, созданный 30 мая 1942 года. Ему были подчинены в оперативном отношении республиканские и областные штабы партизанского движения (ШПД), которые возглавляли секретари или члены ЦК компартий республик, крайкомов и обкомов ВКП(б) (с 1943 г. Украинский ШПД подчинялся непосредственно Ставке ВГК). ШПД подчинялись также Военным советам соответствующих фронтов.
В тех случаях, когда на территории республики или области действовало несколько фронтов, при их Военных советах создавались представительства или оперативные группы республиканских и областных ШПД, которые, осуществляя руководство боевой деятельностью партизан в полосе данного фронта, подчинялись соответствующему ШПД и Военному совету фронта.
Укрепление руководства партизанским движением шло по линии улучшения связи партизан с Большой землёй, совершенствования форм оперативного и стратегического руководства, улучшения планирования боевой деятельности. Если летом 1942 лишь около 30% партизанских отрядов, состоявших на учёте ШПД, имели радиосвязь с Большой землёй, то в ноябре 1943 года почти 94% отрядов поддерживали радиосвязь с органами руководства партизанским движением через рации партизанских бригад.
Большую роль в развитии партизанской борьбы в тылу врага сыграло совещание руководящих работников НКО, ЦШПД с представителями подпольных партийных органов, командирами и комиссарами крупных партизанских формирований Украины, Белоруссии, Орловской и Смоленской областей, проведённое ЦШПД по поручению ЦК ВКП(б) в конце августа— начале сентября 1942 года. Итоги совещания и важнейшие вопросы борьбы в тылу врага были сформулированы в приказе наркома обороны СССР И.В. Сталина от 5 сентября 1942 года «О задачах партизанского движения».
Большое внимание уделялось бесперебойному снабжению партизан оружием, боеприпасами, минноподрывной техникой, медикаментами, эвакуации самолётами тяжелораненых и больных на Большую землю. За время своего существования ЦШПД направил штабам партизанского движения 59 960 винтовок и карабинов, 34 320 автоматов, 4210 ручных пулемётов, 2556 противотанковых ружей, 2184 миномёта калибров 50 мм и 82 мм, 539 570 ручных противопехотных и противотанковых гранат. В 1943 году только самолётами АДД и ГВФ было совершено свыше 12 тысяч самолётовылетов в тыл врага (половина из них — с посадкой на партизанские аэродромы и площадки).