Во главе города
В июне 1991 года на первых выборах мэра Москвы Лужков выступал в связке с Гавриилом Поповым в качестве кандидата в вице-мэры.
После выборов стал в июле 1991 премьером образованного на основе Мосгорисполкома городского правительства Москвы.
В 1992 году мэр Москвы Г.Х. Попов неожиданно ушёл в отставку.
6 июня 1992 года Указом Президента России Б. Н. Ельцина Лужков был назначен мэром Москвы (с сохранением за ним должности премьера московского правительства) и впоследствии трижды (1996, 1999, 2003, переизбирался на этот пост (набрав соответственно 88,5 %, 69,9 %, 74,8 % голосов избирателей; вице-мэром вместе с Лужковым два первых раза избирался В. П. Шанцев, затем пост перестал быть выборным).
В июне 2007 года по представлению президента Российской Федерации Владимира Путина депутатами Московской городской Думы Юрий Лужков был вновь наделён полномочиями мэра Москвы на четырехлетний срок.
В период с 1992 года по 1996 год Лужков занимал должность мэра Москвы без выборных полномочий, на основании указа.
В октябре 1993 года во время разгона Верховного Совета встал на сторону президента. По его приказу здание Белого дома, вместе с близлежащими жилыми домами, было отключено от всех коммуникаций.
В декабре 1994 года Лужков учредил первую коммерческую телекомпанию в России — «Телеэкспо».
На выборах в 1999 году вместе с Примаковым возглавлял партию «Отечество», которая критиковала политику Ельцина и выступала за его скорейшую отставку.
Член Совета Федерации (1996—2002). Должность члена Совета Федерации занимал в соответствии с действовавшим в то время порядком как глава субъекта федерации.
Ю. Лужков — член Государственного совета при Президенте РФ, представитель Российской Федерации в палате регионов Конгресса местных и региональных властей Европы, бывший член Комитета Совета Федерации по бюджету, налоговой политике, валютному регулированию, банковской деятельности.
С конца 1998 года Ю. Лужков — лидер Общероссийской политической общественной организации «Отечество», ныне сопредседатель Высшего Совета Всероссийской политической партии «Единая Россия».