Известно, что пограничные заставы, здания штабов пограничных комендатур и отрядов были включены неприятелем в число первоочередных объектов для уничтожения артиллерией, танками и авиацией.
Достойного отпора врагу пограничники оказать не могли как в силу своего предназначения, так и из-за отсутствия необходимых средств противодействия. А это приводило к большим потерям. Часто их просто некому было подсчитывать – погибали все. Поэтому среди безвозвратных потерь пограничных войск в приграничных сражениях свыше 90 процентов составляют пропавшие без вести и приходятся они на первые дни и недели войны. Так, в боях с противником на границе, в арьергардных боях и в период несения службы по охране тыла Действующей армии по состоянию на 1 апреля 1942 г. в пограничных войсках насчитывалось: убитых и умерших от ранений – 3684 человека, пропавших без вести – 35298 человек, попавших в плен – 136 человек, раненых и обмороженных – 8240 человек, выбывших по разным причинам – 956 человек.
Пограничники знали, что для задержания врага сил у них недостаточно. Однако, следуя воинскому долгу и Присяге, они отстаивали рубежи Отечества до последней возможности, до последнего человека. И тем самым еще в июне–июле 1941 г. приближали Победу. За первые бои на границе Указом Президиума Верховного Совета СССР от 26 августа 1941 г. за образцовое выполнение заданий командования на фронте борьбы с германским фашизмом и проявленные при этом отвагу и геройство звание Героя Советского Союза присвоено пограничникам И.Д. Бузыцкову, К.Ф. Ветчинкину, Н.Ф. Кайманову, А.К. Константинову, М.Ф. Михалькову, А.В. Рыжикову. Спустя много лет за подвиги, совершенные также в первые дни войны, звание Героя Советского Союза присвоено А.В. Лопатину (1957 г.), А.М. Кижеватову, Ф.В. Морину, В.В. Петрову, В.М. Усову (всем в 1965 г.). Такова участь первых героев. Через боевые позиции их подразделений война прокатилась дважды: сначала с запада на восток, потом с востока на запад, унося и воспоминания, и свидетелей тех боев. Не случайно, что о ратных подвигах многих и многих пограничников в первые дни и часы войны стало известно лишь спустя годы и десятилетия. «Люди защищали границу до последнего дыхания, а знаем мы о них, к сожалению, мало, иногда – ничего, – вспоминал генерал-майор в отставке Я.Д. Малый (бывший начальник 91-го Рава-Русского пограничного отряда). – Совершенно неизвестными остались, например, подробности гибели личного состава трех линейных застав – 9, 12, 18-й, двух застав маневренной группы – 5-й и 7-й. Знаем только, что они вели упорные бои, сдерживали противника до последней возможности и ни один пограничник в живых не остался. Спустя месяц–полтора я подписал 560 извещений родным о погибших и пропавших без вести – эти потери мы понесли, главным образом, в первые часы и минуты войны¼» В связи с большими потерями в боях на лини государственной границы и в арьергардных боях приказом НКВД СССР от 25 сентября 1941 г. были расформированы 58 пограничных частей по причине отсутствия личного состава.

Все формирования, основой которых стал личный состав погранвойск, в годы войны достойно выполнили свой воинский долг.

В частности, за успешные боевые действия все шесть дивизий 70-й армии награждены орденами и удостоены почетных наименований. А сформированные из пограничников стали именоваться: 102-я стрелковая Дальневосточная Новгород-Северская Краснознаменная, ордена Кутузова дивизия, 106-я стрелковая Забайкальская Днепропетровская Краснознаменная, ордена Суворова дивизия, 162-я стрелковая Среднеазиатская Новгород-Северская Краснознаменная дивизия.
Непосредственное участие в боях на фронте в течение всей войны принимали 113700 пограничников, или 68 процентов довоенной численности пограничных войск. В составе объединений и соединений Красной Армии формирования пограничных войск принимали участие в обороне Киева и Ленинграда, Москвы и Одессы, Крыма и Сталинграда, остановили врага на Кавказе и под Курском, а затем в решительных сражениях заключительного этапа Великой Отечественной войны громили неприятеля на Украине и в Белоруссии, Прибалтике и Молдавии, освобождали порабощенные народы Европы от фашистского ига, приближая день Победы.
Не менее важным видом деятельности пограничных войск в годы войны былаохрана тыла Действующей армии. 25 июня 1941 г. Совет Народных Комиссаров СССР принял постановление о возложении задач по охране тыла Действующей Красной Армии на войска НКВД. К выполнению задач по охране тыла были привлечены 48 пограничных отрядов, 10 отдельных комендатур, 4 резервных пограничных полка, 2 отдельных резервных батальона и 23 части обеспечения.
Конкретные задачи по охране тыла РККА ставились в приказах Народного комиссара внутренних дел СССР, а также в решениях командования и военных советов фронтов, в оперативном подчинении которых находились части и соединения войск НКВД: борьба со шпионажем, диверсиями и бандитизмом в тылу фронтов; уничтожение мелких групп противника, направленных в тыл Действующей армии; борьба с мародерством и дезертирством; проведение мероприятий по организации прифронтового режима; охрана коммуникаций на определенных участках в полосе фронта; охрана армейских приемных пунктов военнопленных; поддержание бесперебойной работы проводной связи; сбор трофейного и оставленного в тылу войск военного имущества; диверсионно-разведы­ватель­ная деятельность в тылу врага и др.
В обязанности частей по охране тыла Ленинградского фронта, кроме охранных функций, входило поддержание порядка в блокированном г. Ленинград, несение патрульной службы на основных магистралях города и вокруг оборонных объектов. Они же охраняли Дорогу жизни, ежесуточно пропуская через КПП 3–3,5 тыс. автомобилей.
Особую страницу истории частей и подразделений войск НКВД СССР по охране тыла Действующей Красной Армии представляет контрразведывательное обеспечение оперативно-служеб­ной деятельности погра­ничных войск.
Об эффективности охраны тыла Действующей армии, работы контр­разведчиков свидетельствует следующий пример. Одно из фашистских разведывательных подразделений – «абверкоманда-104» – с октября 1942 г. по сентябрь 1943 г. забросило в тыл Красной Армии 150 групп шпионов и диверсантов. Поставленную задачу решили только две группы. Более успешной была агентурная разведка на незначительную глубину (до 50 км от линии фронта), но и в этом случае 90 процентов агентуры попадала в руки советских органов по охране тыла. По не полным данным, в результате оперативно-служебной деятельности только пограничных частей по охране тыла за 1941 г. среди 685629 задержанных было выявлено шпионов, диверсантов, агентов противника и террористов – 1001, ставленников и пособников врага – 1019, дезертиров – 29064, мародеров – 429 и др.
Служебная и боевая деятельность войск охраны тыла ДКА получила высокую оценку Родины. 36 пограничных полков были награждены орденами, в том числе: орденом Ленина – 1; орденом Красного Знамени – 12 полков и 112-я отдельная Карпатская маневренная группа; орденом Суворова – 2; орденом Кутузова – 4; орденом Александра Невского – 5; орденом Богдана Хмельницкого – 5; орденом Красной Звезды – 7. За отличие в боях с немецко-фашистскими захватчиками по прорыву обороны немцев, овладению городами, за форсирование рек 25 пограничным полкам присвоены почетные наименования, 20 пограничных полков получили благодарность Верховного Главнокомандующего (7 из них – дважды): 17350 военнослужащих-пограничников войск по охране тыла Действующей армии были награждены орденами и медалями, в том числе 4776 офицеров.

В период с 9 августа по 2 сентября 1945 г. войска Забайкальского (начальник войск – генерал-майор М.Н. Шишкарев), Хабаровского (генерал-майор А.А. Никифоров) и Приморского (генерал-майор П.И. Зырянов) пограничных округов принимали непосредственное участие в Советско-японской войне.

В этой военной кампании, с учетом опыта начального периода Великой Отечественной войны, пограничники обеспечивали скрытность подготовки фронтовых наступательных операций, принимали участие в мероприятиях по дезинформации неприятеля, осуществляли разведку намерений, сил и средств противника в интересах командования фронтов и армий. При начале и развитии Маньчжурской наступательной операции советских войск, главными задачами пограничников стали: ликвидация пограничной охраны, наблюдательных пунктов и мелких гарнизонов врага, расположенных вблизи границы; содействие частям армии в форсировании пограничных рек; выделение проводников для частей и соединений армии; охрана тыла фронтов; борьба с вражеской агентурой и мелкими войсковыми группами противника в тылу Действующей армии. Успешному выполнению этих задач активно содействовали пограничные корабли и катера, а также пограничная авиация.
С 9 августа по 5 сентября 1945 г. погранчастями Забайкальского, Хабаровского и Приморского округов было уничтожено: погранполицейских отрядов и кордонов – 241, гарнизонов – 31, узлов сопротивления – 7, опорных пунктов – 4, бандитско-диверсионных групп из числа местного населения и специально подготовленных японцев и корейцев – 42, японских войсковых групп, оторвавшихся от своих частей, – 33.
Пограничные войска заняли 194 населенных пункта, в том числе города Сахалян, Айгунь, Уюнь, Шивей, Джурганхэ, Мохэ и Оупу. Общие потери противника в боестолкновениях с пограничниками составили 2122 человека убитыми и 2279 пленными. Потери пограничных войск в Советско-японской войне составили 174 человека убитыми, 344 ранеными и 7 пропавшими без вести.
За период советско-японской войны пограничными частями в качестве трофеев захвачено: складов с оружием, боеприпасами, продовольствием и вещевым имуществом – 64, морских пароходов – 1, речных пароходов – 10, кунгасов – 37, катеров – 20, раций – 16, лошадей – 1097, станковых и ручных пулеметов – 113, винтовок – 7994, гранат – 3932, пистолетов и автоматов – 199, патронов – 830 946.
Действия пограничных войск в военной кампании на Дальнем Востоке получили высокую оценку правительства СССР и Верховного Главнокомандования Советских Вооруженных Сил. За образцовое выполнение в боях заданий командования и проявленные при этом доблесть и мужество 3282 солдата, сержанта, офицера и генерала пограничных войск удостоены орденов и медалей Союза ССР (по Приморскому округу - 1319 человек, Хабаровскому - 1189, Забайкальскому - 774).
Указами Президиума Верховного Совета СССР 54, 69, 74, 75, 76 и 77-й пограничные отряды, 3-й отдельный авиационный полк, сторожевые корабли «Дзержинский» и «Киров», 3-й дивизион катеров 62-го пограничного отряда награждены орденом Красного Знамени; 58 и 59-й пограничные отряды – орденом Кутузова II степени; 78-й пограничный отряд – орденом Александра Невского; 55-й пограничный отряд – орденом Красной Звезды. За успешное выполнение боевых задач 52-й пограничный отряд и дивизион сторожевых кораблей 62-го погранотряда получили почетное наименование Сахалинский, 53-й погранотряд – Хинганский, 57-й – Уссурийский, 60-й – Курильский, отдельный батальон связи Хабаровского округа – Амурский.

15 марта 1946 г. Верховный Совет СССР принял Закон о преобразовании Совета Народных Комиссаров в Совет Министров СССР, а народных комиссариатов – в министерства. В соответствии с Законом Наркомат внутренних дел был преобразован в Министерство внутренних дел (МВД).
На основании приказа МВД СССР от 15 января 1947 г. Главное управление пограничных войск (ГУПВ) переформировано по новому штату. В него вошли управления: оперативно-разведывательное, организационно-строевое, политическое и морской отдел. В составе оперативно-разведывательного управления были образованы западный, ближневосточный и дальневосточный отделы и отдел контрольно-пропускных пунктов (КПП). Каждый отдел включал два отделения – службы и разведки. Управления пограничных округов состояли из штаба, отдела кадров, морского, разведывательного, политического, медицинского и финансового отделов.
К числу существенных организационных мер конца 40-х гг. относится передача в октябре 1949 г. пограничных войск из ведения МВД (министр С.Н. Круглов) Министерству государственной безопасности (министр В.С. Абакумов).
Одной из первостепенных задач руководства ГУПВ и пограничных округов стала подготовка квалифицированных офицеров-пограничников. На основе постановления ЦК ВКП(б) от 2 августа 1946 г. директивой ГУПВ всем округам предлагалось заменить офицерский состав, занимающий должности комендантов участков и начальников застав, оставив лишь тех из них, которые имеют опыт и знают пограничную службу, обладают хорошими деловыми и морально-политическими качествами. В августе 1947 г. на основании постановления секретариата ЦК ВКП(б) на пограничных заставах со штатной численностью от 41 человека и более введена должность заместителя начальника заставы по политчасти.
На 1 января 1953 г. численность погранвойск составляла около 190 тыс. человек. К этому времени охрана государственной границы и сами погранвойска претерпели существенные изменения. охрана границы на западе и востоке становилась общим делом всех стран, входящих в социалистический блок.
Позитивным образом менялось вооружение, техническая оснащенность погранвойск. В войска стало поступать автоматическое оружие, радиолокационные и прожекторные станции, автомашины ГАЗ-69, а с 1955 г. – и вертолеты. Строились дороги и колонные пути, внедрены в практику и получили дальнейшее развитие инженерно-технические средства охраны границы.
Однако все эти положительные тенденции сводились на нет непродуманными организационно-штатными мероприятиями, проведенными в пограничных войсках в 1953–1954, 1956 и 1960 гг. и связанными в первую очередь с их сокращением. В результате к 1961 г. по сравнению с 1952 г. численность пограничных войск уменьшилась почти наполовину (на 47,5 процента). Наряду с личным составом войска потеряли сотни пограничных застав, 11 дивизионов пограничных кораблей, 3 военных училища, Военный институт КГБ при СМ СССР. Это привело к тому, что протяженность участка одной заставы возросла почти в 3 раза, а это отрицательно сказалось на плотности войсковой охраны.
Большая протяженность охраняемых участков и малочисленность личного состава вызвали физическую перенапряженность пограничников, ежесуточная служебная нагрузка которых достигала 12–14 часов, а ежедневные переходы составляли 25–30 км. Это не могло не сказаться негативным образом на результатах служебно-боевой деятельности. Так, если в 1956 г. имели место 38 безнаказанных прорывов через границу, то в 1967 г. (после сокращений 1956 г.) – 45, а в 1958 г. (после увеличения численности погранвойск в 1957 г.) – лишь 19.
28 марта 1957 г. СМ СССР принял постановление о переподчинении пограничных войск из МВД Комитету государственной безопасности при СМ СССР. Цель реорганизации состояла в том, чтобы, с одной стороны. разгрузить МВД от несвойственных ему функций, сосредоточить защиту государственной безопасности в рамках единого, специально для этого созданного ведомства, с другой – присоединить к политической структуре (КГБ) силовую (ПВ), создавая мощную опору правящему режиму и противовес МВД, чтобы не допустить всесилия последнего, как во времена Л.П. Берия. В том же году удалось добиться увеличения численности погранвойск на 16 тыс. человек.
Существенную помощь пограничникам оказывали добровольные народные дружины (ДНД), возникшие в конце 50-х гг. в условиях развернувшегося процесса демократизации советского общества по инициативе жителей Нижанковичского района Львовской области. Уже к июню 1960 г. в составе 4200 ДНД насчитывалось 125 тыс. человек. Дружинники выходили в наряды по охране границы на тыловых рубежах, привлекались к проверке КСП, несению патрульной службы и службы наблюдения и т. д. И все же основная тяжесть службы по охране границы, по-прежнему лежала на плечах пограничников.
Обострившаяся оперативная обстановка на восточном и дальневосточном участках государственной границы заставила руководство страны и КГБ, с одной стороны, наращивать численность пограничных войск, с другой – искать новые формы и способы охраны границы. В 1961 и 1963 гг. пограничные войска были пополнены соответственно на 2300 и 3000 человек.