Расширение морских границ Российской империи требовало укрепления флота. Для выработки основных направлений по восстановлению и развитию морского и речного флота и улучшению управления им в 1765 г. Екатерина II создала Морскую российских флотов и адмиралтейского правленья комиссию, которая должна была рассмотреть существовавший до этого порядок в Адмиралтейств-коллегий и внести необходимые предложения императрице.
Эта комиссия в 1765 г. издала регламент об управлении флотом и адмиралтейством. По регламенту в ведении комиссии осталась общая власть над флотом, его командирами и другими служащими. Из непосредственного заведования комиссии были исключены командование флотом и эскадрами, обучение команд, поддержание в них дисциплины. Было также образованно пять экспедиций: комиссариатская, интендантская, артиллерии, казначейская, счетная (или контроля). Комиссия установила в 1765 г. два комплекта флота: для мирного времени - из 21 корабля, 4 фрегатов, 50 галер и несколько мелких судов и команды для них - 21813 человек, в военное время - от 32 до 40 кораблей, 8 фрегатов и 150 галер и команды для них - от 28121 до 32527 человек.
Екатерина II продолжала заниматься флотом, интересовалась состоянием дел в нем и ставила флотские проблемы на одно из первых мест. Одним из первых шагов было возрождение гребной флотилии на Балтике и создание ее на Черном море. Первая имела узко-военное значение для действия среди финских шхер; вторая - для больших рек, впадавших в Черное море. Суда Балтийской гребной флотилии находились и строились в Санкт-Петербурге, Поченкальме, Выборге, Нейшлоте, Могилеве, Витебске и в других местах. В 1776 г. Россия на Балтике уже имела 25 кораблей, 4 бомбардирских судна, 13 фрегатов. К 1790 г. Балтийский флот насчитывал 34 линкора, 15 фрегатов и 271 гребное судно.
Активно развернулся процесс создания флота на Черном море. Небольшие суда строились на Дону и на Дунае. Создается Донская флотилия под командованием контр-адмирала Алексея Наумовича Сенявина. Он приступает к строительству флота в Таврове, Павловске и на Хопре. Но трудности с проводкой больших глубокосидящих судов через мелководное устье Дона заставило искать новые пути решения задачи. Адмиралтейств-коллегия решила наладить строительство парусно-гребных судов нового типа - плоскодонных, сидящих в воде не более 9 футов и имеющих на вооружении от 12 до 16 пушек.
В 1783 г. закладывается военно-морская база Севастополь, а в 1788 г. - судостроительная верфь в Николаеве. К 1790 г. на Черном море Россия уже имела 22 линейных корабля, 12 фрегатов, около 80 гребных и парусных судов. Черноморский флот состоял из одной дивизии: 15 кораблей, 10 фрегатов, 13 мелких гребных судов и 106 канонерок.
К концу XVIII в. Балтийский флот состоял из 3 дивизий: 45 линейных кораблей, 19 фрегатов, 29 мелких судов, а гребной - 12 гребных фрегатов, до 300 канонерских лодок и 30 галер.
Одновременно предпринимаются усилия и к созданию флота на Тихом океане. В 90-е годы XVIII в. только в Охотске было спущено на воду около 50 судов. Но отсутствие должного опыта у кораблестроителей, сложные климатические условия в первое время делали флот малоэффективным. Показателем служит тот факт, что до 30 судов погибло во время плавания.
Быстрое увеличение российского флота потребовало пересмотра основополагающего документа - "Морского устава", который во многом уже не отвечал требованиям времени. Поэтому в 1797 г. был издан и введен в употребление "Устав военного флота". В его пяти главах излагались обязанности всех должностных лиц флота и судовые порядки.
Основными направлениями военно-морской политики Российской империи в рассматриваемый период были также: защита морских торговых путей, конвоирование купеческих караванов и защита прибрежного пространства материка и прилегающих к нему островов. В условиях отсутствия четкой морской границы, таможенной границы и зоны экономических интересов Россия стремилась придать отношениям на море правовую основу. Так, заключением между Россией и герцогством Курляндским и Семигальским конвенции было покончено с давним варварским обычаем, по которому потерпевший крушение корабль подвергался разграблению.